ООПТ создана для сохранения ландшафта части крупной балки в окрестностях села Бигильдино, где берет начало река Ягодная - левобережный приток реки Дон. Здесь сохраняется богатый комплекс степных видов растений и животных, характерных для верховьев Дона, встречается ряд редких и исчезающих видов, в том числе занесенных в Красные книги РФ и Липецкой области.

Рельеф

Ландшафтно-биологический памятник природы «Низовья балки Ягодновская» занимает нижнюю часть долины малой реки Ягодная, сформированной в известняках и рыхлых осадочных породах.Тип рельефа - склоновый и пойменный.

Долина ориентирована в широтном направлении и имеет общее направление на запад. Ее ширина в пределах охраняемой территории составляет от 200 до 400 м, протяженность около 7 км. Глубина вреза долины по отношению к распаханным водоразделам составляет около 60 м, вследствие чего широко распространены эрозионные формы рельефа.

Правобережье балки более возвышенное и крутое (высота склонов над урезом воды достигает 20-25 м), с многочисленными выходами известняковых (доломитовых) осыпей. В некоторых местах на крутых изгибах реки на дневную поверхность доломиты обнажаются в виде небольших скал.

Практически на всем протяжении оба склона долины рассечены многочисленными и короткими оврагами-промоинами. Пойма узкая, сегментная,приподнята над меженным уровнем воды в русле реки на 1-2 м.

В состав ООПТ включены также небольшие (протяженностью 300-500 м, шириной 70-200 м) овраги и балки, впадающие в долину справа и слева.

Почвы

Почвенный покров мозаичен и представлен: по пойме реки Ягодная - фрагментами пойменных луговых почв, на склонах - сильно смытыми выщелоченными черноземами, на прилегающих плато – выщелоченными черноземами.

Пойменные луговые почвы, в зависимости от расположения, включают слаборазвитые почвы на песчано-галечниковых отложениях (преимущественно в прирусловой зоне) и слоистые почвы.

На склонах высока степень дифференциации почвенного покрова, обусловленная рельефом и подстилающими породами. В большинстве своем они представлены выщелоченными черноземами, подверженными разной степени эрозии (от несмытых до подстилающих пород).

На крутых склонах, сложенных известняками, почвенный покров иногда полностью отсутствует.

Гидрология

Гидрологическая сеть представлена рекой Ягодной - типичным малым левобережным притоком реки Дон. Река Ягодная берет начало из родников в 5 км от устья балки и почти полностью (за исключением устьевого участка) находится в пределах памятника природы. Русло представляет собой чередование небольших плесов (протяженность 50-150 м, ширина до 5 м, глубина 0,5-1,5 м), соединяемых узкими быстро текущими водотоками (ширина 1-3 м, глубины 0,2-0,5 м). Общий расход воды незначителен. Дно чаще всего сложено известняковой галькой, на перекатах - песчано-галечниковое, на плесах - илистое.

В западной части охраняемой территории река подпружена глухой насыпной плотиной и образует небольшой пруд протяженностью 200 м и шириной у плотины 25 м. Сток через плотину осуществляется путем фильтрации воды через ее насыпь, в основе которой лежит крупноплитчатый известняк. В сильные паводки река иногда прорывает насыпь плотины.

Флора и фауна

Биота памятника природы включает виды, характерные для каменистых степей, остепненных и суходольных лугов, ручьев. Видовое разнообразие макромицетов оценивается в 100 видов, сосудистых растений - 450 видов, амфибий - 3 вида, рептилий - 2, птиц - 30, млекопитающих - 10. Отмечена энтомологическая ценность урочища.

Каменистые склоны долины покрыты хорошо сохранившимися тырсовыми, перистоковыльными и иногда низкоосочковыми степями, склоны северной экспозиции и пойма заняты луговой растительностью. Имеются фрагменты терновников, остатки байрачных дубрав и пойменных ивняков.

Вдоль русла реки идет узкий пояс прибрежной растительности (осоки, камыш лесной, кустарниковые и древовидные ивы). В состав охраняемой территории лесные насаждения Государственного лесного фонда не входят.

Редкие виды

В границах ландшафтно-биологического памятника природы «Низовья балки Ягодновская» отмечено обитание редких видов, в том числе среди растений (ковыль перистый Stipa pennata, овсец пустынный Helictotrichon desertorum, истод сибирский Poligala sibirica, горицвет весенний Adonis vernalis, ветреница лесная Anemone sylvestris, кизильник алаунский Cotoneaster alaunicus и др.), беспозвоночных (бородавчатый омиас Omias verruca) и позвоночных (обыкновенный зимородок Alcedo atthis) животных.