Николай Павлович Никитин родился 6 (19) февраля 1893 года в г. Раненбурге Рязанской губернии (ныне г. Чаплыгин Липецкой области) в известной купеческой семье. Его отец, Павел Федосеевич, занимался благотворительностью, в частности, состоял членом попечительского Общества о бедных. Дед был почетным мировым судьей Раненбурга, владел домами на площади Соборной, в одном из которых размещалась частная больница. В семье была большая библиотека, ценилось образование.

Николай Никитин закончил Раненбургскую мужскую гимназию, затем Московское коммерческое училище (1913) и экономическое отделение Петровской сельскохозяйственной академии (ныне Российский государственный аграрный университет – Московская сельскохозяйственная академия им. К. А. Тимирязева) (1917).

Среди преподавателей академии в то время был выдающийся русский ученый в области статистики и географии сельского хозяйства А. Ф. Фортунатов. Его спецкурс «Местное источниковедение», который посещал студент Никитин, определил в дальнейшем его интерес к конкретным региональным краеведческим исследованиям. На выбор пути в науке, несомненно, оказали влияние труды и личность выдающегося земляка Н. П. Никитина – П. П. Семенова-Тян-Шанского.

С 1919 года Николай Павлович читал систематические курсы для студентов Института народного хозяйства, начал публиковать свои первые труды: «Производство сельскохозяйственных продуктов в Раненбургском уезде Рязанской губернии» (1919), «Несколько страниц из истории, географии, статистики Раненбургского уезда Рязанской губернии» (1919), «Статистико-экономическое описание волостей Раненбургского уезда Рязанской губернии» (1920). «Исторический обзор опытов разделения Европейской России на хозяйственные районы» (1920).

В 1921 году он стал профессором в Московском зоотехническом институте, с 1934 года преподавал в Институте народного хозяйства. Со второй половины 20-х годов работал также во 2-ом Московском университете (впоследствии Московский городской педагогический институт). В этих вузах он создал и руководил кафедрами экономической географии и статистики. Николай Павлович был талантливым педагогом. Под его руководством защищено 18 кандидатских диссертаций.

Научная работа Н. П. Никитина шла по нескольким направлениям: экономика и география сельского хозяйства, экономическая география СССР, методика преподавания этих дисциплин. Он автор более 100 научных исследований, учебников и программ для вузов.

Его работы «Краевая география в дореформенной России 19 века» (1953), «Краеведная литература пореформенной эпохи как источник для исторической географии России этого времени» (1960) до сих пор имеют значение для исследователей отдельных территорий с использованием историко-географического анализа.

Исследуя деятельность Н. П. Никитина, доцент кафедры экономической географии Воронежского государственного университета В. К. Ковылов называет его «одним из крупных ученых, глубоко исследовавших сложные вопросы зарождения, становления, развития науки экономической географии», «предтечей в идеях внутреннего экономического районирования и исторического экономико-географического анализа».

Труды Никитина не были сухой теорией кабинетного ученого, он считал свое дело живым, развивающимся, необходимым людям.

Во вступлении к книге «Несколько страниц из истории, географии и статистики Раненбургского уезда Рязанской губернии» он писал: «Мы очень мало знаем о своем родном угле. Мы не любим его, не ценим и почти не интересуемся им. Нам кажется, что только… далеко за морем… имеется и ценное и интересное и достойное изучения. …Только изучив свой маленький уголок, изучив каждую травинку, каждое деревце, каждый ручеек, холмик своего родного уезда можно действительно строить материальную и духовную культуру».

Н. П. Никитин принимал участие в работе Госплана по экономическому районированию страны. В течение нескольких лет был членом методической комиссии по географии Министерства просвещения РСФСР. Являлся почетным членом и председателем бюро отделения экономической географии Московского филиала Географического общества СССР.
Он награжден медалями «В память 800-летия Москвы» и «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941−1945 гг.», орденом Ленина, значком «Отличник народного просвещения», Почетной грамотой Московского военного округа.

Умер Н. П. Никитин в 1975 году в Москве, похоронен на Ваганьковском кладбище.
На родине ученого сотрудниками Чаплыгинского краеведческого музея реализуется проект по организации комнаты-музея Николая Павловича Никитина в сохранившемся доме Никитиных, памятнике архитектуры середины 19 века.