Василий Яковлевич Ситников родился 19 августа (1 сентября) 1915 года в с. Новое Ракитино Лебедянского уезда Тамбовской губернии (ныне Лебедянского района Липецкой области) в крестьянской семье. В 1921 году Ситниковы переехали в Москву.

В 1933 году Василий Ситников учился в Московском судомеханическом техникуме, увлекался изготовлением моделей парусников. Попытка поступить в Высшие художественно-технические мастерские (ВХУТЕМАС) (1935) успехом не увенчалась. Работал на строительстве метро, художником-мультипликатором у режиссера А. Л. Птушко, показывал диапозитивы на лекциях профессоров Художественного института им. В. И. Сурикова. В 1941 году случайно подобрал разбрасываемые с самолетов немецкие пропагандистские листовки и за это был арестован, признан душевнобольным и направлен на принудительное лечение в Казань.

Вернувшись в столицу (1944), художник перебивался случайными заработками. 

В 1960-е годы, в период «оттепели», примкнул к движению «неофициального» искусства. Взяв за основу академическую систему работы с нагой натурой и тщательными графическими растушевками, В. Ситников натуру превращал в сюрреалистическую эротику, а растушевки – в зыбкую воздушную стихию. К этому прибавились характерные черты «русского стиля» в духе символизма и модерна.

Образ жизни юродствующего гения привлекал почитателей и последователей, которых художник в своей полуподпольной студии на дому обучал оригинальным методам живописи, включая навыки растушевки краски по холсту сухой сапожной щеткой. С этой «домашней академией» связаны имена многих представителей андеграунда. Почти нищий, В. Ситников обладал собранием икон и всевозможных редкостей. В 1975 году он эмигрировал в Австрию, затем в США. Уникальную коллекцию икон и восточных ковров отдал своей сестре, наиболее ценные иконы завещал Рублевскому музею в Андрониковом монастыре. В 1977 году работы художника были представлены на Венецианской биеннале.

Последние годы он жил в одиночестве в трущобах, сильно болел, но продолжал писать. В 1984 году его бывшие ученики издали в Москве книгу «Василий Ситников. Уроки».

Умер художник в Нью-Йорке 28 ноября 1987 года. Урна с его прахом была перевезена в Москву и захоронена на Ваганьковском кладбище рядом с родителями. Большинство работ художника рассеялось по миру бесследно, часть хранится в Музее современного искусства и Музее «Другое искусство» (Москва), в Новом музее (С.-Петербург), в Музее Циммерли (Нью-Джерси, США).